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首先，乙肝病毒有两层衣壳，外衣壳和内衣壳，具有多种抗原。在病毒的外衣壳上，有表面抗原HBsAg和前S1抗原、前S2抗原。在内衣壳有核心抗原HBcAg和e抗原HbeAg。各种抗原都有很强的“毒性”，能引起多种类型的损伤。但唯一只有表面抗体（抗HBs）是具有识别和清除乙肝病毒能力的抗体。
其次，乙肝病毒的表面抗原能刺激抑制T细胞T s增殖，增殖的T s使B细胞不能成熟为抗体。使唯一能清除乙肝病毒的表面抗体（抗HBs）始终不能产生，即抗HBs阴性。这就是乙肝表面抗原使机体产生的免疫耐受。免疫耐受的结果使自身免疫系统处在对乙肝病毒无特异性应答状态，T细胞不能和成特异抗体HbsAb，你能清除血液中的乙肝病毒。导致乙肝病毒能不受障碍地长期重复感染、复制、释放、再感染、再复制的病理过程。长期形成病毒血症，这也就是乙肝难以治愈的原因之一
第三，乙肝病毒血症同样也能引起机体的免疫反应。但因病毒抗原的多样性和个体免疫力的差异，使乙肝患者的身体反映也呈多样性。当免疫力正常时，乙肝病毒能在病毒血症期被阻断感染，或形成隐性感染，最终病毒被清除。 当免疫力低下或免疫耐受时，对乙肝病毒致敏的免疫球蛋白在数量上和功能上都不足以完全清除病毒。因此，肝细胞损害持续存在，成为慢性持续性肝炎或慢性活动性肝炎，以致带病终生。
第四，部分乙肝患者，由于长期受病毒刺激致使乙肝病毒的基因整合于肝细胞的DNA中，引起肝细胞突变发展成为原发性肝细胞癌。
